《深海迷航》是一款深海主题沙盒生存建造游戏，背景设定在22世纪晚期，采矿船极光号在类地行星4546B坠毁，玩家所扮演的宇航员掉落在4546B的海洋里，玩家要在想办法生存下去的同时，尝试探索飞船失事的原因，且想办法离开星球。
4546B是由一个名叫“先驱者（二代称作“建筑师”）”的外星组织设立的前哨基地，旨在研究一种名为“卡拉”的外星病毒。“卡拉”病毒是一种极易传染的外星病毒，由“先驱者”在探索其他星球时发现，并在许多行星上建立前哨基地以找到治该病毒疗方法。行星4546B是这些前哨基地之一。
类地行星4546B位于阿德朗星系的外围，围绕恒星第4546旋转。“B”表示4546B是在4546号恒星周围发现的第一颗行星。已知该行星完全被水覆盖，除了少数水上岛屿以外，还具有各种处于海底的生物群落。极光号坠毁地点高于水平面几米，位于较浅的水域。玩家驾驶海王星逃生火箭逃离4546B时，可以看见在该行星的一侧有一块较大的冰冻的陆地（暗示了续作“深海迷航：零度之下”中的地形）。
行星拥有一个完整的生态系统，并且具有两个卫星，其中一个非常接近地球，导致星球经常出现日食。我们所熟知的地图只是星球上非常小的一个部分，这一部分位于一个休眠的火山口，直径约2公里。其余部分被称作无人区，深度在0~8192米（实为无限深度，8192米是官方设定的极限下潜深度，超过该深度就会被传送回海平面）之间，几乎没有生命，只支持微生物和成年的幽灵利维坦生存。尚不清楚该星球其他地方是否存在类似的生命区域。
“先驱者”与玩家的掌上电脑（PDA）记录了该行星地核活跃的地热活动。普通熔岩山（不活跃岩浆区）和1400米处的岩浆湖（活跃岩浆区）分别证明了这一点。“先驱者”利用这一特性，在熔岩山洞内建造了地热发电厂，使热能电机能够利用4546B的火山活动进行发电。
在22世纪晚期，“极光”号采矿船被地球的阿尔特拉集团发射，前往行星4546B执行采矿与勘探任务。实际上，极光号还携带着一个大多数船员都不知道的使命——救援“德加斯”号的幸存者。然而在极光号在穿越4546B的大气层时遭到不明武器攻击，坠毁在了4546B的海洋中。游戏主角则乘坐逃生舱成功脱险，当主角爬出逃生舱时才发现整个星球都被水覆盖着，于是主角在深海中的生存与探索就由此展开了……
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